承担克什克腾旗农产品质量安全监督管理责任。开展农产品安全风险评估，组织农产品质量安全监测，发布有关农产品质量安全信息；拟订有关农产品质量安全的地方标准，并会同有关部门组织实施；指导农业检验检测体系建设；依法实施符合安全标准的农产品产地认定和产品认证；组织农产品质量安全的监督管理。
指导克什克腾旗农业科技创新和技术推广。拟订并组织实施农业科研、农技推广规划、计划，会同有关部门组织农业科技创新体系和农业产业技术体系建设；组织实施农业领域应用技术研究、科技成果转化和技术推广；负责农业科技成果管理，组织引进农业先进技术；负责农业植物新品种保护、农业转基因生物的生产加工许可的初审和报批及安全监督管理；指导农技推广体系改革与建设。
组织和指导克什克腾旗社会主义新农村建设。提出农村社会事业发展政策建议，并协调相关事项；组织开展克什克腾旗新农村建设试点工作；参与农村社会发展、基层组织建设、精神文明建设和民主法制建设相关工作。
指导克什克腾旗农业产业化发展。促进农业产前、产中、产后一体化发展。拟订并组织实施农产品加工业发展规划，提出农业产业保护政策建议，培育、保护和发展农产品品牌；指导克什克腾旗农产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设；制定农业生产资料、主要农产品市场体系建设发展规划。