负责南阳农业和农村工作的组织领导及综合协调。贯彻执行党和国家有关农业农村经济工作的方针政策、法律法规，拟订并组织实施南阳种植业、畜牧业、渔业、农业机械化、农产品加工等农业产业和农村经济发展规划，提出农村改革发展建议；承担农村经济与社会发展预测及综合统计工作。
承担南阳农产品质量安全监督管理责任。开展农产品安全风险评估，组织农产品质量安全监测，发布有关农产品质量安全信息；拟订有关农产品质量安全的地方标准，并会同有关部门组织实施；指导农业检验检测体系建设；依法实施符合安全标准的农产品产地认定和产品认证；组织农产品质量安全的监督管理。
管理南阳农业和农村经济信息。监测分析农业和农村经济运行，发布农业和农村经济信息；开展相关农业统计工作；负责农业信息体系建设，组织开展农业信息服务。
负责南阳农业生态和农村能源有关工作。制定并实施农业生态建设规划；指导农村可再生能源综合开发与利用、农业生物质产业发展、农业农村节能减排、农业面源污染治理；提出划定农产品禁止生产区域的意见、建议和报批工作，指导生态农业、循环农业发展；负责保护渔业水域生态环境，牵头管理外来物种。