指导总口管理区农业产业化发展。促进农业产前、产中、产后一体化发展。拟订并组织实施农产品加工业发展规划，提出农业产业保护政策建议，培育、保护和发展农产品品牌；指导总口管理区农产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设；制定农业生产资料、主要农产品市场体系建设发展规划。
承担总口管理区农业防灾减灾工作。监测、发布农业灾情；组织开展种子、化肥等救灾物资储备和调拨工作；提出农业生产救灾资金安排建议；指导农业紧急救灾和灾后恢复生产。
负责总口管理区农业资源区划和资源保护工作。拟订农用地、耕地、基本农田质量保护与改良措施并指导实施，依法管理耕地质量；运用工程、农艺、农机、生物等措施，发展资源节约型、环境友好型农业。
组织开展总口管理区对外农业贸易和经济、技术交流与合作；协助有关部门组织实施农业外援项目。