负责五湖渔场农作物重大病虫害及动物重大疫病防控。指导动植物防疫和检疫体系建设；组织、监督五湖渔场动植物防疫检疫工作，发布疫情并组织扑灭；组织植物检疫性有害生物普查；承担引进农作物种子（种苗）检疫工作；负责兽医医改、兽药药政监督管理、牲畜定点屠宰监督管理工作。
协调五湖渔场农业各产业和农村经济发展；指导农村二、三产业发展，扶持发展农产品加工流通业、乡村旅游等服务业。
负责五湖渔场农业和农村工作的组织领导及综合协调。贯彻执行党和国家有关农业农村经济工作的方针政策、法律法规，拟订并组织实施五湖渔场种植业、畜牧业、渔业、农业机械化、农产品加工等农业产业和农村经济发展规划，提出农村改革发展建议；承担农村经济与社会发展预测及综合统计工作。
承担五湖渔场农业防灾减灾工作。监测、发布农业灾情；组织开展种子、化肥等救灾物资储备和调拨工作；提出农业生产救灾资金安排建议；指导农业紧急救灾和灾后恢复生产。