负责两当县农作物重大病虫害及动物重大疫病防控。指导动植物防疫和检疫体系建设；组织、监督两当县动植物防疫检疫工作，发布疫情并组织扑灭；组织植物检疫性有害生物普查；承担引进农作物种子（种苗）检疫工作；负责兽医医改、兽药药政监督管理、牲畜定点屠宰监督管理工作。
协调两当县农业各产业和农村经济发展；指导农村二、三产业发展，扶持发展农产品加工流通业、乡村旅游等服务业。
依法开展两当县有关农业生产资料行政许可的初审及监督管理。实施农作物种子（种苗）、草种、种畜禽、农药、兽药、饲料、饲料添加剂的许可及初审、报批及监督管理；负责渔政渔港监督管理和渔船检测检验管理工作；组织实施两当县有关农业生产资料的地方标准；开展兽医医疗器械和有关肥料的监督管理；指导农业机械化发展、农机安全监理和机动渔业船舶操作手培训工作。
负责两当县农业生态和农村能源有关工作。制定并实施农业生态建设规划；指导农村可再生能源综合开发与利用、农业生物质产业发展、农业农村节能减排、农业面源污染治理；提出划定农产品禁止生产区域的意见、建议和报批工作，指导生态农业、循环农业发展；负责保护渔业水域生态环境，牵头管理外来物种。