承担完善西藏农村经营管理体制的责任。提出西藏深化农村经济体制改革和稳定完善农村基本经营制度的政策建议，指导农村土地承包、牧区草场承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理。
负责提出西藏农业固定资产投资规模和方向、省级财政性资金安排的意见，按规定权限会同有关部门审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目。编报部门预算并组织执行。
负责西藏农作物重大病虫害防治和动物疫病防控。起草动植物防疫和检疫的法规草案。会同有关部门制定动植物防疫检疫政策并指导实施，指导动植物防疫和检疫体系建设。组织、监督对省内动植物的防疫检疫工作，负责防治、控制疫情、发布疫情并组织扑灭。
负责西藏农业科技成果管理，组织引进农业先进技术，指导农技推广体系改革与建设。负责农业植物新品种保护，负责农业转基因生物安全监督管理。