指导和监督五湖渔场内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
主管五湖渔场审计工作。负责对五湖渔场财政收支和法律法规规定属于审计监督范围的财务收支的真实、合法和效益进行审计监督；对审计、专项审计调查和核查社会审计机构相关审计报告的结果承担责任，并负有督促被审计单位整改的责任。
与设区的市人民政府共同领导设区的市审计机关；依法领导和监督五湖渔场各地审计机关的业务，组织各地审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查，纠正或责成纠正下级审计机关违反国家规定做出的审计决定；按照干部管理权限协管设区的市审计机关负责人。
起草审计五湖渔场地方性法规、规章草案；制定审计规范性文件并监督执行；制定审计工作发展规划、专业领域审计工作规划和年度审计计划并组织实施；参与起草财政经济及其相关的地方法规、规章草案；对直接审计、调查和核查的事项依法进行审计评价，做出审计决定或提出审计建议。