统一管理阜阳市水上交通安全和防治船舶污染。监督管理船舶所有人安全生产条件和水运企业安全管理体系；调查、处理水上交通事故、船舶污染事故及水上交通违法案件；指导船舶污染损害赔偿工作。
组织实施国际海事条约；履行“船旗国”、“港口国”及“沿岸国”监督管理义务，依法维护国家主权；负责阜阳市有关海事业务国际组织事务和有关国际合作、交流事宜。
负责阜阳市船舶、海上设施检验行业管理以及船舶适航和船舶技术管理；管理船舶及海上设施法定检验、发证工作；审定船舶检验机构和验船师资质、负责对外国验船组织在华设立代表机构进行监督管理；负责中国籍船舶登记、发证、检查和进出港（境）签证；负责外国籍船舶入出境及在我国港口、水域的监督管理；负责船舶保安和防抗海盗管理工作；负责船舶载运危险货物及其他货物的安全监督。
组织编制全国海事系统中长期发展规划和有关计划；管理所属单位基本建设、财务、教育、科技、人事、劳动工资、精神文明建设工作；负责船舶港务费、船舶吨税、船舶油污损害赔偿基金等有关管理工作；受部委托，承担阜阳市港口建设费征收的管理和指导工作；负责全国海事系统统计和行风建设工作。