研究制定兵团十六团科技体制改革的政策措施；建立健全科技创新体制和机制；研究制定建立新型研究开发机构的政策；按规定审核相关科研机构的组建和调整，优化科研机构布局。
贯彻落实国家关于科技工作方面的法律、法规、规章和政策，起草兵团十六团相关地方性法规草案、政府规章草案，组织拟订科技发展和科技促进经济社会发展的政策，并组织实施。
负责本部门预算中的科技经费预决算及经费使用的监督管理；会同兵团十六团有关部门提出科技资源合理配置的政策和措施建议，优化科技资源配置。
组织拟订兵团十六团科技发展中长期规划、年度计划，并组织实施；研究提出科技发展布局和优先发展领域；推动科技创新体系和科技服务体系建设，促进科技服务业发展；推进科技兵团十六团建设。