提出上海科技体制改革的政策和措施建议；推进科技创新体系建设，优化科研机构布局。
会同上海有关部门拟订高新技术产业化政策措施并组织实施，推动高新技术产业化相关技术服务体系建设；指导上海高新技术产业开发区建设工作；会同有关部门负责大学科技园、市级科技企业孵化器的项目申报和管理工作；会同有关部门进行高新技术企业认定工作；参与推进高新技术开发投资体系建设。
负责编制和实施上海重点实验室、中试基地、工程技术研究中心等科技基地计划；会同有关部门拟订重大创新基地的建设规划；参与编制市重大科学工程建设规划；提出科研条件保障的规划和政策建议；推进上海科技基础条件平台建设和科技资源共享。
会同上海有关部门管理科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场和科技信息市场；承担市科学技术奖励委员会的日常工作。