承担三沙市粮食监测预警和应急管理责任；负责三沙市粮食流通宏观调控的具体工作；指导协调国家政策性粮食购销工作；保障军粮供给；指导和帮助解决灾区、库区移民和缺粮贫困地区的粮食供应，安排以工代赈和国家、省重点建设项目粮食供给；建立省际间粮食购销关系，协调产销区粮食余缺调剂。
承担三沙市储备粮行政管理责任，提出储备粮的规模、总体布局及收储、轮换和动用建议并组织实施；制定地方储备粮管理的技术规范并监督执行。
负责三沙市粮食流通的行业管理；指导推动粮食产业化发展；制定三沙市粮食收购市场准入制度；指导三沙市粮食流通科技进步、技术改造、新技术推广；负责全社会粮食行业的统计工作；开展粮食流通的对外交流与合作。
制定粮食流通、粮食库存监督检查制度并组织实施；负责三沙市粮食收购、储存环节的粮食质量安全和原粮卫生的监督管理；监督执行粮食储存、运输的技术规范；监督检查省级储备粮的数量、质量和储存安全。