承担三沙市各项财政收支管理的责任，编制年度预决算草案并组织执行；受三沙市政府委托，向市人民代表大会报告预算及其执行情况，向市人大常委会报告决算；组织制定经费开支标准、定额,负责审批部门和单位的年度预决算；完善转移支付制度。
依法负责三沙市国有资本经营预算相关工作，收取市本级企业国有资本收益，制定并组织实施企业财务制度，参与拟订企业国有资产管理相关制度，按规定负责资产评估的有关管理工作。
负责三沙市政府非税收入管理；负责政府性基金管理，按规定管理行政事业性收费；管理财政票据；制定彩票管理有关办法，负责彩票资金管理和彩票市场监管的有关工作。
负责承办和监督三沙市财政的经济发展支出、政府性投资项目的财政拨款，参与拟订建设投资的有关政策，制定基本建设财务制度，负责有关政策性补贴和专项储备资金财政管理工作；负责农业综合开发管理工作；承担财政投资评审管理工作。