负责阜阳市食品的行政许可和监督管理，参与制定食品安全管理规范并监督实施。建立食品安全隐患排查治理机制，贯彻落实国家、省、市食品安全检查年度计划、重大整顿治理方案。组织开展食品安全重大专项治理和综合检查。参与食品安全风险监测计划、食品安全标准的制定等相关工作。
负责推进食品药品诚信体系建设。制定阜阳市食品药品安全科技发展规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。指导食品、药品、医疗器械、化妆品检验检测和审评认证机构的业务工作。
监督国家药典等药品和医疗器械标准、化妆品相关标准的执行，负责对药品、医疗器械、化妆品的行政监督和技术监督，监督实施相关质量管理规范。建立药品不良反应、医疗器械不良事件监测体系，并开展监测和处置工作。配合阜阳市有关部门实施国家基本药物制度，组织实施处方药和非处方药分类管理制度，核发第一类医疗器械产品注册证。
组织开展阜阳市食品药品安全宣传、教育培训、对外交流与合作，发布相关日常监督检查信息。承担药品、医疗器械、保健食品广告内容的审查工作。