九三学社阿鲁旗省委机关是社省委的中心枢纽，是承办社务工作和相应工作的工作部门，直接由社省委主委会议领导。机关工作人员按照公务员管理。机关各部门在专职副主委的直接领导和秘书长的协助领导下开展工作。
组织社阿鲁旗省委参政议政的选题、调研及其报告撰写和相关联系工作。收集政府职能部门对调研课题落实的追踪调查等有关情况；征集、遴选、起草、加工社省委向省政协大会提交的提案和发言材料及社中央、全国政协参政议政所需材料。
联系并指导阿鲁旗各市委、省直基层组织的组织建设和换届工作，联系中共党委统战部门。负责组织建设工作情况综合，及时向社省委主委会议、常委会议汇报和反映组织建设中的情况和问题，并提出有关建议。负责组织发展和社员社籍管理。
按照社章的要求，配合阿鲁旗统战部门，发现和物色优秀人才，组织做好后备干部队伍建设工作，组织后备干部材料整理，上报社省委，向各级政府和司法机关推荐，培养、选拔、推荐、安排社内人才。