组织实施国家基本药物制度，根据国家基本药物制度和基本药物目录，组织制定并实施上海市基本药物制度与政策。负责安徽医疗机构的抗菌药物、麻醉药品、精神药品等使用管理临床药事工作以及合理用药监测工作；负责安徽免费计划生育药具的供应和发放管理。
负责安徽有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
负责安徽医疗卫生机构、卫生专业技术人员、医疗技术临床应用、大型医用设备实施资质管理和许可准入；负责建立医疗质量控制体系、医疗机构综合评审评价和监督体系；负责医患纠纷行政处理工作；负责安徽康复、护理、院前急救、国家临床重点专科建设等工作；组织公民无偿献血。
指导安徽卫生和计划生育人才队伍建设工作，组织开展卫生专业技术职务聘任和任职资格认证有关工作；会同有关部门制定卫生机构人员配置、卫生专业技术人员资格标准并组织实施；推进卫生和计划生育队伍职业化建设。