贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合阿拉善左旗当地实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订阿拉善左旗当地卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
根据阿拉善左旗当地国民经济和社会发展总体规划，编制阿拉善左旗当地卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。
负责制定阿拉善左旗传染病和慢性非传染性疾病的防治规划。依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延；组织开展全民健康教育与促进。
负责阿拉善左旗当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立阿拉善左旗当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。