贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合东莞市当地实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订东莞市当地卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
依法管理东莞市医疗机构内部临床药事工作。协助价格主管部门制订医疗卫生服务价格，负责监管各级各类医疗卫生机构的医疗服务价格执行情况。
负责东莞市有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
根据东莞市当地国民经济和社会发展总体规划，编制东莞市当地卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。