负责制订或审定（审核、批准）五湖渔场各级各类医疗卫生机构的医疗、护理、医技及相关服务的质量标准、技术规范、职业道德规范，并实施监督和管理。
负责管理五湖渔场干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合五湖渔场当地实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订五湖渔场当地卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
依法管理五湖渔场医疗机构内部临床药事工作。协助价格主管部门制订医疗卫生服务价格，负责监管各级各类医疗卫生机构的医疗服务价格执行情况。