依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题，依法办理被审计单位对审计决定提请行政复议、行政诉讼或南京政府裁决的有关事项；协助配合有关部门查处相关重大案件。
直接审计下列事项，出具审计报告，在法定职权范围内做出审计决定或向有关主管机关提出处理处罚的建议：省级财政预算执行情况和其他财政收支，南京直各部门 (含直属单位)预算执行情况、决算和其他财政财务收支。设区的市人民政府预算执行情况、决算和其他财政收支，省财政转移支付资金。使用省级财政资金的事业单位和社会团体的财务收支。南京投资和以南京投资为主的建设项目的预算执行情况和决算。省属国有企业和金融机构、南京政府规定的省属国有资本占控股或主导地位的企业和金融机构的资产、负债和损益。南京政府部门、设区的市人民政府管理和其他单位受南京政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支。法律法规和规章规定应由省审计厅审计的其他事项。
主管南京审计工作。负责对南京财政收支和法律法规规定属于审计监督范围的财务收支的真实、合法和效益进行审计监督；对审计、专项审计调查和核查社会审计机构相关审计报告的结果承担责任，并负有督促被审计单位整改的责任。
指导和监督南京内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。