阿鲁旗教科所的基本职责是依据国家教育方针，以提高教育质量为宗旨，以促进全体学生全面发展为目标，开展当地基础教育、职业教育的教育科研、教学研究、教学指导、教学业务管理工作和教材建设等有关工作，为学校全面提高教育教学质量服务。
根据阿鲁旗基础教育、职业教育的性质、目的、任务和青少年、儿童身心发展规律，研究教育思想、教学理论、课程设置、教学内容、教学组织形式、教学方法手段、课程评价，研究开发教育资源，探索教育教学规律。结合我市实际，开展陶行知教育思想的理论研究与实践。组织专职教研人员和广大教师参加教学工作研究（问题研究）和教育科学研究（课题研究）等多层次、多形式的教育科研和教学研究活动。组织在职教师的专题性研修活动。
以现代教育思想指导阿鲁旗学校优化教学过程，改进教学工作。组织教师学习教育理论，树立正确的教育观念，形成民主、和谐的师生关系，创设条件，引导学生主动参与学习过程，指导学校实施课程方案，充分利用教育资源，运用现代化教学手段，优化教学过程，保证学生自主学习、活动的时间。组织指导教学改革试验，总结推广先进的教育教学改革经验。
制定教学常规制度，提出执行课程方案和使用教材的意见，并督促检查学校贯彻落实。 监控阿鲁旗学校的教学质量，组织过程性教学质量评估和必须的统一测试、命题和对测试结构处理、评价、指导工作。