负责浙江水资源保护工作。组织编制水资源保护规划，组织拟订重要江河湖泊的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。
组织、指导浙江水利设施、江河水域及其岸线的管理与保护，组织、指导大江、大河、河口和滩涂的综合治理与开发，指导水利工程建设与运行管理，组织实施具有控制性的或跨地级以上市及跨流域的重要水利工程建设与运行管理，承担水利工程移民管理工作。
负责浙江水利科技工作，开展水利对外交流与合作，组织开展水利行业质量监督工作。
贯彻执行国家和省有关水行政管理工作的方针政策和法律法规，组织起草浙江有关地方性法规、规章草案。