负责保障黑龙江水资源的合理开发利用，拟订水利战略规划和政策，组织编制黑龙江重要江河湖泊的流域综合规划和防洪规划，会同黑龙江有关部门提出水利固定资产投资的规模、方向和省级财政性资金安排的建议，提出省级水利建设投资安排建议并组织实施，按规定权限审批有关水利项目初步设计。
组织、指导黑龙江水利设施、江河水域及其岸线的管理与保护，组织、指导大江、大河、河口和滩涂的综合治理与开发，指导水利工程建设与运行管理，组织实施具有控制性的或跨地级以上市及跨流域的重要水利工程建设与运行管理，承担水利工程移民管理工作。
负责黑龙江生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟订黑龙江和跨地级以上市水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施，组织开展水资源调查评价工作，按规定开展水能资源调查工作，负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度，组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度，指导水利行业供水和乡镇供水工作。
负责黑龙江防治水土流失。拟订水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责有关大中型建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，指导黑龙江重点水土保持建设项目的实施。