组织、指导阿拉善右旗陆生野生动植物的保护和合理开发利用；在国家和省市县自然保护区的区划、规划原则指导下，指导森林和陆生野生动植物类型自然保护区的建设和管理；组织、协调阿拉善右旗湿地保护和有关国际公约的履行工作；负责陆生濒危物种进口管理和国家保护的野生动物、珍稀树种木材、珍稀野生动植物及其产品进出口的审核、申报工作；组织协调有关国际公约的履行工作。
组织、指导阿拉善右旗森林资源（含经济林、薪炭林、热带林作物及其他特种用途林）的管理；组织阿拉善右旗森林资源调查、动态监测和统计，审核并监督森林资源的使用；组织编制森林采伐限额，报上级批准后监督执行；监督林木、竹木的凭证采伐与运输；组织指导林地、林权管理并对依法应由国家、省、市和县批准的林地征用、占用进行初审。
组织开展阿拉善右旗植树造林和封山育林工作；指导阿拉善右旗国有林场、国有苗圃、森林公园、集体林场、林业工作站及基层林业机构的建设和管理。
研究拟定阿拉善右旗林业发展战略、中长期发展规划并组织实施；管理县级林业基金；监督阿拉善右旗林业资金的管理和使用。