贯彻执行国家和内蒙古有关交通运输工作的方针政策和法律法规，起草有关地方性法规、规章草案和政策措施并监督实施，组织拟订公路、水路、地方铁路行业发展规划，参与拟订物流业发展战略和规划，知道公路、水路行业有关体制改革工作。
负责涉及综合运输体系的规划协调工作。会同内蒙古有关部门组织编制综合运输体系规划，指导、协调交通运输枢纽规划和管理。
承担内蒙古道路、水路运输市场监管责任。组织制定道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施，指导城乡客运及有关设施规划和管理工作，指导出租汽车行业管理工作，负责路政、运政和港口管理，负责水路运输、水路运输服务、外轮理货、船舶代理、引航、航道、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理工作。
负责内蒙古政府拨款的公路建设资金的监督和管理，协调或参与交通建设资金的筹集，负责厅管交通资金的拨付和监管，会同有关部门拟订公路、水路有关规费政策并监督实施，负责收费公路管理及公路联网收费的组织协调和监管工作。